Po zániku Veľkej Moravy na začiatku 10. storočia sa územie dnešného Slovenska dostalo pod nadvládu Uhorska. Maďari po porážke pri rieke Lech opustili svoj nomádsky spôsob života, prijali kresťanstvo a začali budovať silné kráľovstvo. V rokoch 1001–1002 a 1018–1029 patrilo Slovensko do Poľského kráľovstva, no neskôr sa stalo súčasťou uhorského štátu, kde vzniklo Nitrianske kniežatstvo.

V 13. storočí Slovensko zasiahli mongolské vpády, ktoré spôsobili veľké straty na obyvateľstve a hospodárske škody. Následná obnova pod vedením kráľa Bela IV. priniesla nemeckú a židovskú imigráciu, rozvoj miest a výstavbu hradov. Nemci v mestách získali významné postavenie, čo niekedy spôsobovalo konflikty s pôvodným slovenským obyvateľstvom, ako dokazuje výnos „Privilegium pro Slavis“ z roku 1381, ktorý zabezpečoval rovnaké zastúpenie Slovákov a Nemcov v samospráve mesta Žilina.

V 15. a 16. storočí región ovplyvnili husitské vojny a reformácia, pričom protestantizmus získal medzi Slovákmi veľkú popularitu. Po expanzii Osmanskej ríše a páde Budína v roku 1541 sa Bratislava stala hlavným mestom Uhorska. Územie Slovenska sa stalo súčasťou habsburskej monarchie a bolo miestom neustálych bojov medzi katolíkmi, protestantmi a osmanskými Turkami.

V 17. a 18. storočí prebiehali stavovské povstania proti Habsburgovcom, pričom významnú úlohu zohrávali aj slovenské dobrovoľnícke jednotky. Po porážke Osmanov sa Slovensko stalo stabilnejšou súčasťou Uhorska, pričom Bratislava si udržala status hlavného mesta až do roku 1848.

Počas revolúcie v rokoch 1848–1849 podporili Slováci rakúskeho cisára v nádeji na získanie autonómie od Maďarov. Aj keď sa im to nepodarilo, výsledkom bolo uznanie slovenčiny ako úradného jazyka. Nasledovalo obdobie maďarizácie, ktoré vyvrcholilo rozpadom Rakúsko-Uhorska v roku 1918 a vznikom Československa, čím sa skončilo viac ako tisícročné spojenie Slovenska s Uhorskom.